אני לא יכול להגיב על כלים דומים לגיליונות אלקטרוניים.
אבל אני משתמש לעתים קרובות ב Open Babel, שהוא חופשי (כמו ב חופש הדיבור ו בירה חינם ).
אם אתה לא כל כך מתעסק בכלי שורת פקודה או משתמש בתוכניות באמצעות הכריכות שלהם לשפות התכנות, ניתן גם להשתמש ב- GUI עבור Open Babel, אבל אני כבר מעולם לא השתמשתי בו.
מייצר מבנה דו-ממדי עבור התרכובות שהוזנו (מבוסס על שם או SMILES)
שמות עשויים להיות קשים באופן כללי, אך ניתן לעבד SMILES (מערכת כניסה של קו קלט מולקולרי פשוט) באמצעות Open Babel כאשר המזהה נקרא מקובץ. תפוקה למספר רב של פורמטים כימיים ופורמטים של תמונות אפשרית.
obabel -ismi stuff.smi -omol -O stuff.mol
תמיר SMILES מחרוזת לקובץ mol.
המרת אוסף של SMILES ל- MOL וכתיבתם לקובץ SDF אינה דבר גדול:
#! / Usr / bin / env pythonimport osimport pybel # מילון של חיוכים שנלקח מ- chemspider.cominsecticides = {'parathion': 'CCOP (= S) (OCC) OC1 = CC = C (C = C1) [N +] (= O) [O-] ',' דיסולפטון ':' CCOP (= S) (OCC) SCCSCC ',' פרמטרין ':' C1 (C (C1C (= O) OCC2 = CC (= CC = C2) OC3 = CC = CC = C3) C = C (Cl) Cl) C ',' furathiocarb ':' CCCCOC (= O) N (C) SN (C) C (= O) OC1 = CC = CC2 = C1OC (C2) (C) C ',' methomyl ':' CC (= NOC (= O) NC) SC '} # כתוב פריטי דיקט לקובץ SDF רב רכיבי outout =' / home / klaus / workpace / chemistry / stackexchange / similarity / 'outname =' insecticides.sdf ' outpath = os.path.join (outdir, outname) outfmt = 'sdf'datafile = pybel. Outputfile (outfmt, outpath, overwrite = True) לשם, מחייך בקוטלי חרקים. כותרות (): mol = py bel.readstring ('smi', חיוכים) mol.title = שם datafile.write (mol) datafile.close ()
עריכה קל לחיפוש וליצור דוחות מותאמים אישית (כגון חיפוש דמיון)
לחיפוש התשתית השתמשתי ב קבוצת משנה NCI דמויית סמים מ- ligand.info. לקובץ ה- SDF הלא ארוז (445.2 מגהבייט) יש 193,323 רשומות בשורות 14,757,262 ( wc -l ).
מקובץ SDF יצרתי לראשונה קובץ חיפוש בינארי לצום באמצעות
obabel data.sdf -ofs -O data.fs
החיפושים מבוססים על דפוסי SMILES ו- SMARTS.
חשבתי ש- 2-aminobenzothiazole עשוי להיות קטע מעניין לחיפוש ועם קצת התעסקות, כתבתי את תבנית ה- SMARTS המתאימה: c12ccccc1nc(N)s2
obabel -: "c12ccccc1nc (N) s2" -opng -O pattern.png .
החיפוש בוצע באמצעות:
obabel -ifs data.fs -s "c12ccccc1nc (N) s2" -osvg -O results.svg -xd -xc5 -xA -xC
ויצר טבלת SVG עם 233 ערכים.